С уголовным преследованием, которое инициируется, организуется и непосредственно исполняется на досудебной стадии прокурорами, самым тесным образом связан надзор за исполнением законов органами дознания и следствия, а также субъектами оперативно-розыскной деятельности. Эта прерогатива прокуроров непосредственно связана с обеспечением законности на первоначальных стадиях уголовного преследования.

По  новому уголовно-процессуальному законодательству во многом иным, чем прежде, стало участие прокурора в рассмотрении уголовных дел судами. Ныне прокуратура обязана обеспечивать государственное обвинение по всем делам публичного и частно-публичного обвинения. В рассмотрении уголовных дел по существу, с вынесением по I-ой инстанции приговоров, а также в контрольных стадиях уголовного судопроизводства (кассационной, апелляционной и надзорной), они действуют на началах состязательности и равноправия сторон, что является одной из важнейших гарантий справедливого демократического правосудия, без которого не может быть подлинной законности. Ежегодно с участием государственных обвинителей рассматривается до 1 миллиона    уголовных дел. Новый порядок уголовного судопроизводства на судебной стадии потребовал увеличения корпуса государственных обвинителей, повышения качества и эффективности их работы, других организационно-кадровых мер, которые были оперативно осуществлены.

Обеспечению законности в базовой сфере жизни общества - экономике,  социальной сфере, в защите прав граждан,  публичных интересов  в значительной мере способствует участие прокуроров в гражданском и арбитражном процессах. Оно дает ощутимые результаты, выражающиеся не только в  пополнении   государственной казны,  но и  восстановлении  нарушенных прав граждан  и в других общезначимых ценностях. О качестве и эффективности работы прокуратуры на этом ответственном участке свидетельствует и тот факт,  что иски прокуроров в порядке гражданского судопроизводства удовлетворяются судами  более чем на 90%, кассационные и надзорные представления по гражданским делам - более чем на 80%.

Осуществление прокуратурой координации деятельности правоохранительных органов по борьбе с преступностью обеспечивает согласование их усилий по противодействию криминалу, недопущению в этой сфере элементов ведомственной разобщенности и разноголосицы, что имеет особое значение в условиях роста организованной и профессиональной преступности, усиления монолитности преступного мира.  

Тесно связанной с надзорной и другими, но вполне самостоятельной функцией прокуратуры, является ее участие в правотворческой деятельности. Прокурор в ходе реализации своих надзорных и иных полномочий часто сталкивается с пробелами, противоречиями, другими проявлениями несовершенства действующих нормативных правовых актов. В этих случаях он вносит в законодательные органы и органы, обладающие правом законодательной инициативы, соответствующего и нижестоящего уровней предложения об изменении, дополнении, отмене или принятии законов и иных нормативных правовых актов.

Наиболее важные законопроекты проходят своего рода экспертизу в Генеральной прокуратуре РФ, в научных учреждениях, действующих при ней. Определенный вклад в правотворчество прокуроры вносят, участвуя в заседаниях органов законодательной и исполнительной власти, органов местного самоуправления.

Система органов и учреждений прокуратуры, ее организационная структура строятся и развиваются с учетом интересов оптимального осуществления ее функций.  Систему прокуратуры РФ составляют: Генеральная прокуратура РФ; прокуратуры субъектов РФ и приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры;  прокуратуры городов и районов, а также межрайонные и приравненные к ним  специализированные прокуратуры. В систему прокуратуры РФ входят  научные и образовательные учреждения.

Высшее звено системы - Генеральная прокуратура Российской Федерации. Она является своего рода штабом отрасли, аппаратом Генерального прокурора России, который непосредственно и при помощи этого аппарата осуществляет надзор за исполнением законов, руководит деятельностью органов прокуратуры,  контролирует их работу.

Структуру  Генеральной прокуратуры составляют управления и отделы. В настоящее время это управления: по надзору за соблюдением федерального законодательства; по надзору за расследованием преступлений органами прокуратуры; по надзору за процессуальной деятельностью органов внутренних дел и юстиции; по надзору за процессуальной деятельностью органов безопасности; криминалистики; по расследованию особо важных дел; по обеспечению участия прокуроров в рассмотрении уголовных дел судами; по обеспечению участия прокуроров в гражданском и арбитражном процессе; по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний; управление правового обеспечения; управление методического обеспечения; международно-правовое управление; управление информации и общественных связей; управление по рассмотрению писем и приему граждан; отдел по реабилитации жертв политических репрессий и отдел по делам несовершеннолетних и молодёжи.
В центральном аппарате наряду с функциональными имеются также обеспечивающие подразделения: организационное управление, управление кадров, управление делами и др.

С появлением       принципиально       нового административно-территориального института - федеральных округов в них были   образованы первоначально управления, а с 2002 года - отделы Генеральной прокуратуры РФ. Эти подразделения, не заменяя других управлений Генеральной прокуратуры РФ, сконцентрировали у себя не только надзорные, но и существенную часть управленческих полномочий по отношению к прокуратурам субъектов Федерации, входящих в округ.