В Генеральной прокуратуре РФ образуется в качестве совещательного органа коллегия. На ее заседаниях рассматривают наиболее важные вопросы деятельности органов прокуратуры, актуальные проблемы, связанные с организацией и управлением, исполнением приказов и указаний Генерального прокурора Российской Федерации.

В структуру Генеральной прокуратуры РФ на правах одного из подразделений входит Главная военная прокуратура. Ее возглавляет заместитель Генерального прокурора Российской Федерации - Главный  военный прокурор. Аппарат Главной военной прокуратуры, в свою очередь, состоит из управлений и отделов. Они организуют выполнение задач, возложенных на военных прокуроров по надзору за исполнением законов в Вооруженных Силах и уголовное преследование в отношении военнослужащих.
Консультативным органом при Генеральном прокуроре РФ является Научно-консультативный совет. Он оказывает научно-методическое содействие органам прокуратуры.

При Генеральной прокуратуре имеется НИИ проблем  законности и правопорядка, Институт повышения квалификации руководящих кадров, а также институты переподготовки прокурорско-следственных работников в городах Санкт-Петербурге и Иркутске.

Институты действуют в соответствии с утверждёнными Уставами, в тесном взаимодействии с подразделениями Генеральной прокуратуры РФ.

Второе звено прокурорской системы - прокуратуры субъектов Российской Федерации и приравненные к ним прокуратуры.

Организация территориальных прокуратур соответствует федеративному устройству России.  В каждой республике, крае, области, городах федерального значения, автономной области, автономных округах Российской Федерации имеются соответствующие прокуратуры.

На правах прокуратур субъектов Федерации действуют военные прокуратуры: прокуратуры военных округов, флотов, прокуратура Ракетных войск стратегического назначения, прокуратура Федеральной пограничной службы и других войск, приравненные по своему статусу к прокуратурам субъектов Федерации и подотчетные Генеральному прокурору РФ.

С 1991 года на правах прокуратуры субъекта Федерации существует Волжская природоохранная прокуратура. Вместе с подчинёнными ей 15 природоохранными межрайонными прокуратурами она осуществляет надзор за соблюдением законодательства об охране природы на территории Волжского бассейна.

Структуру прокуратур субъектов Федерации, приравненных к ним военных прокуратур и Волжской природоохранной прокуратуры составляют управления и отделы. В прокуратурах этого звена образуются коллегии.  

Основное рабочее звено - прокуратуры городов и районов, приравненные к ним транспортные прокуратуры, природоохранные прокуратуры, прокуратуры, осуществляющие надзор за исполнением законов в закрытых административно-территориальных образованиях и на особо режимных объектах, прокуратуры по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний, военные прокуратуры гарнизонов. Все эти прокуратуры непосредственно подчиняются соответственно прокурорам республик, краёв, областей, автономной области, автономных округов, военным прокурорам округов, флотов и родов войск.

В некоторых городах (Москва, Краснодар, Омск) отсутствует районное деление и образованы административные округа. Там в соответствии с приказами Генерального прокурора России образованы прокуратуры административных округов и им придан статус районных прокуратур.

В большинстве субъектов Федерации имеются только прокуратуры городов и районов. Однако в ряде республик, краев, областей, автономных округов образованы межрайонные прокуратуры, которые осуществляют надзор на территории нескольких районов.

Всего по состоянию на 1 июля 2003 г. в системе действует  2742 районных (межрайонных) и городских прокуратур.

Служба в органах и учреждениях прокуратуры является особым  видом федеральной государственной правоохранительной  службы. Прокурорские работники являются государственными служащими государственной службы Российской Федерации, исполняющими обязанности по государственной должности федеральной государственной службы с учетом требований Федерального закона "О прокуратуре Российской Федерации".

Законом определяется совокупность условий, соблюдение которых необходимо при решении вопроса о зачислении на службу в органы и учреждения прокуратуры. Так,  прокурорами и следователями могут быть только граждане Российской Федерации.  

Прокурорами и следователями могут быть лица, имеющие высшее юридическое образование, полученное в высшем образовательном учреждении, имеющем государственную аккредитацию.

К лицам, назначаемым на должность прокуроров и следователей, предъявляются повышенные требования, сформулированные в законе. Так, на службу в органы и учреждения прокуратуры не может быть принято лицо, которое не только имеет, но и имело судимость за любое преступление.
На должность прокурора района, города, приравненных к ним прокуроров назначаются лица не моложе 25 лет,  на должность прокуроров субъектов РФ (и к ним приравненным) - не моложе 30 лет, имеющие  определенный в законе стаж работы в органах прокуратуры (не менее 3 или 5 лет соответственно).
Лица, впервые назначаемые на должность прокурора или следователя, принимают Присягу прокурора (следователя).

Прокурорским работникам присваиваются  классные чины.

Законом детально урегулировано материальное и социальное обеспечение прокурорских работников, установлены с учетом сложности их труда определенные гарантии, меры правовой и социальной защиты. На прокурорских работников распространяются ограничения, установленные федеральным законодательством для государственных служащих.